根据环评相关规定及实践案例，处理方式需分情况讨论：

1. 若未验收部分与已验收部分相互独立且无交叉影响**（如完全不同的生产线、不共用环保设施），可仅针对变动部分重新报批环评。例如河南洛阳案例中，A、B两条独立生产线分别验收，当B线发生重大变动时，专家认为可单独重新报批B线环评。

2. 若变动部分涉及整体项目的关键因素或产生叠加影响（如污染物排放总量增加、环保措施联动调整），则需重新评价整个项目。例如：

- 广东案例中，配套设施锅炉燃料变动虽属局部调整，但因导致全厂污染物排放量超原批复10%以上，被认定为"重大变动针对整体项目"，需重新开展全项目环评。

- 某项目仅一个生产单元扩能，但废水排放量增加100%，超过《污染影响类建设项目重大变动清单》规定的10%阈值，最终被要求重新报批整个项目环评]。

3. 法定触发条件：根据《环境影响评价法》第二十四条，只要建设项目的性质、规模、地点、生产工艺或环保措施中任一项发生重大变动且可能导致不利环境影响加重，即需重新报批环评文件。安徽省生态环境厅进一步明确，未完成验收前发生此类变动必须重新报批。

结论：优先评估变动部分的独立性和环境影响范围。若变动部分完全独立且不影响已验收部分（如案例1），可单独报批；若存在污染物排放叠加、环保设施共用或规模联动调整（如案例2），则需重新报批整个项目环评。